GENOMIQUE
& transcriptomique

 

Le plateau propose des outils d’analyse du génome et du transcriptome, ainsi que l’expertise pour la réalisation des projets NGS (RNAseq, Single cell et Spatiale omiques…)

 

ÉQUIPE

Expertises

ÉQUIPEMENTS

RÉSERVATIONS/CONTACT

L’Équipe

 
Tous / AllResponsable opérationnel
Ingénieure - Responsable opérationnel

Emeline LHUILLIER

Ingénieur - Responsable opérationnel

Frédéric MARTINS

Ingénieure - Responsable opérationnel

Emeline LHUILLIER

Ingénieure sur la plateforme GeT-Santé

Emeline Lhuillier a obtenu son Master en Biologie Moléculaire, spécialité Génétique et Gestion de la Biodiversité, à l’Université Pierre & Marie Curie, Paris, France, en 2005. Après plusieurs expériences dans le domaine de la Biologie de la conservation et la génétique des populations, elle a rejoint la Plateforme Génome & Transcriptome (GeT, Toulouse, France) en mai 2011, en tant qu’ingénieure INRAE, dans l’équipe de Séquençage Nouvelle Génération. Toujours en tant qu’ingénieure à GeT, elle a été recrutée à l’Inserm en 2014 sur un autre site de la plateforme, et a finalement rejoint l’I2MC en septembre 2018.

Depuis janvier 2020, Emeline Lhuillier is co-responsable du plateau GeT-Santé avec Frédéric Martins, et propose son expertise aux équipes de recherche de la communauté Santé pour les conseiller et réaliser leurs projets RNA-seq (ou projets NGS plus largement).

Principaux domaines d’expertise : Next Generation Sequencing, RNA-sequencing, Génomique, Transcriptomique

Ingénieur - Responsable opérationnel

Frédéric MARTINS

Ingénieur sur la plateforme GeT-Santé

Cheminement de carrière
Frédéric Martins a obtenu sa Licence Professionnelle en Biotechnologies spécialité Techniques et Applications en Biologie Cellulaire et Moléculaire à l’Université Victor Segalen, Bordeaux, France, en 2003. Après plusieurs expériences dans le domaine de la génétique humaine et la production d’anticorps, il a rejoint la Plateforme Génome & Transcriptome (GeT, Toulouse, France) en Janvier 2008, en tant qu’assistant-ingénieur en QPCR et génotypage HD à l’INRAe. Toujours en tant qu’assistant-ingénieur à GeT, il a été recruté à l’Inserm en 2012 sur un autre site de la plateforme à l’I2MC. En 2018, il a obtenu le concours d’Ingénieur.

Depuis janvier 2020, Frédéric Martins est co-responsable du plateau GeT-Santé avec Emeline Lhuillier, et propose son expertise aux équipes de recherche de la communauté Santé pour les conseiller et réaliser leurs projets de Single Cell Omics.

Domaine d’expertise
Single Cell Omics, QPCR, ddPCR, Transcriptomique.

COMITE DE PILOTAGE

 

 

Anaïs BRIOT   Email me 
Jean-Philippe PRADERE   Email me 
Emmanuelle ARNAUD   Email me 
Aline MAIRAL   Email me
Alexandra MONTAGNER   Email me 
Eric LACAZETTE   Email me 
Gaëtan CHICANNE   Email me
Audrey CASEMAYOU   Email me
Adeline CHAUBET   Email me
Constandina ARVANITIS   Email me
Carine VALLE   Email me
Alexia ZAKAROFF-GIRARD   Email me
Sabrina BENAOUADI   Email me
Thibaut DUPARC   Email me
Nicole MALET   Email me

EXPERTISES

CONTROLE QUALITE ADN / ARN

 

Mise à disposition d’instruments (Nanodrop, Fragment Analyzer…), formation à leur utilisation ou réalisation des contrôles, aide à l’interprétation des données.

QPCR / DDPCR

 

Mise à disposition de plusieurs instruments: qPCR 96 ou 384 puits, QX200.

Formation à leur utilisation et accompagnement dans le design des projets selon les applications.

REALISATION DE LIBRAIRIES NGS

 

RNAseq, ChIPseq, WGS… : accompagnement dans le design des projets, construction des librairies, coordination avec les plateformes de séquençage et d’analyses bioinfo.

SINGLE CELL ET SPATIALES OMICS

 

Prise en charge de projets en interaction étroite avec l’équipe de recherche (collaboration, partenariat) de single cell 3′ RNAseq, CITE-seq, 5’VDJ, cell hashing, etc…

ÉQUIPEMENTS

Voici la liste exhaustive des équipements proposés par le plateau GeT-Santé…)

 

réservations & CONTACT

 

Planning de réservation pour les instruments accessibles en autonomie après formation et accréditation

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Actualités

publications RECENTES

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Circulation Research, 2020
. Pubmed

Single-cell RNA sequencing unveils the shared and the distinct cytotoxic hallmarks of human TCRVδ1 and TCRVδ2 γδ T lymphocytes. Pizzolato G, Kaminski H, Tosolini M, Franchini D-M, Pont F, Martins F, Valle C, Labourdette D, Cadot S, Quillet-Mary A, Poupot M, Laurent C, Ysebaert L, Meraviglia S, Dieli F, Merville P, Milpied P, Déchanet-Merville J, Fournié J-J. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2019. Pubmed

Single-Cell Analysis Reveals Heterogeneity of High Endothelial Venules and Different Regulation of Genes Controlling Lymphocyte Entry to Lymph Nodes. Veerman K, Tardiveau C, Martins F, Coudert J, Girard J-P. Cell Reports, 2019. Pubmed

Niacin induces miR-502-3p expression which impairs insulin sensitivity in human adipocytes. Montastier E, Beuzelin D, Martins F, Mir L, Marqués MA, Thalamas C, Iacovoni J, Langin D, Viguerie N. Int J Obes (Lond). 2018. Pubmed

Caloric Restriction and Diet-Induced Weight Loss Do Not Induce Browning of Human Subcutaneous White Adipose Tissue in Women and Men with Obesity. Barquissau V, Léger B, Beuzelin D, Martins F, Amri EZ, Pisani DF, Saris WHM, Astrup A, Maoret JJ, Iacovoni J, Déjean S, Moro C, Viguerie N, Langin D. Cell Rep. 2018Pubmed

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Inserm/UPS UMR 1297 - I2MC Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires

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Horaires

Du lundi au vendredi
8h30 - 12h30 / 13h45 -16h45