BIOINFORMATIque

 

Ce plateau offre des services de consultation sur la conception des projets, le choix des technologies afin d’obtenir les résultats appropriés dans les domaines divers domaines tels que la métagénomique et la cytométrie.

 

ÉQUIPE

Expertises

ÉQUIPEMENTS

RÉSERVATIONS/CONTACT

L’Équipe

 
Tous / AllResponsable opérationnelPersonnel techniqueRéférent(e) scientifique
Responsable opérationnel

Jason IACOVONI

Ingénieur

Ignacio GONZALEZ-FUENTES

Chercheuse

Nathalie VIGUERIE

Responsable opérationnel

Jason IACOVONI

PhD, Ingénieur de Recherche Inserm

Ingénieur

Ignacio GONZALEZ-FUENTES

Ingénieur 

Chercheuse

Nathalie VIGUERIE

CRHC (chargé de recherche Hors Classe)

Multiomique clinique pour découvrir de nouvelles voies ou gènes impliqués dans la physiopathologie de l’obésité. Responsable scientifique du plateau de Bioinformatique de l’I2MC. Membre du conseil scientifique du Département PHASE de l’INRAE. Coordination du projet JPI HDHL miRDiet et de l’axe Genomics du projet FP6 DiOGenes Diet, Obesity and Genes. Cours de génomique fonctionnelle en Master

Domaine d’expertise
Obésité, adipokines, biomarqueurs, -omiques, analyses de réseaux, imputation de données manquantes.

COMITE SCIENTIFIQUE

 

Nathalie Viguerie   Email me 
Joost Schanstra   Email me
Marion Aguirrebengoa   Email me
Sébastien Déjean   Email me
Henrik Laurell   Email me
Ignacio Gonzalez-Fuentes   Email me

EXPERTISES

GENOME

Sequence analysis
ChIP-Seq, ATAC-Seq, Hi-C

TRANSCRIPTOME

Microarrays and RNASeq
Single Cell and Spatial
ncRNAs, splicing, circular, antisense

PROTEOME

Differential protein analyses
Cohort and timecourse analyses

CUSTOM

Many collaborative projects have developed novel methods for analyzing new data types and even the creation of software and proprietary results leading to patents and private industry research.

ÉQUIPEMENTS

Workstation

Dual CPU workstation with large memory and dual Xeon architecture. Linux OS and all required system software to run all software required.

Network Attached Storage

Large RAID array of disks to safely store project data during analyses.

Open Source Software

The majority of analyses are carried out with open source software in R from CRAN and bioconductor. The plateau excels at searching the internet and literature in order to find packages as well as functions and methods for the most up to date and scientifically valid software to use for each analysis. In addition, free but closed source software, often from technology manufacturers are also employed as required.

Databases and Public Repositories

Any public resource required to perform a comprehensive analysis can be downloaded and integrated into the analysis pipeline. This includes genome databases, gene annotations, public ‘omic results from repositories and automated enrichment analyses with EnrichR web API with custom ggplot2 figure representations.

 

réservations & CONTACT

 

Chaque projet avec le Core Bioinformatique est différent.

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publications

Cardiac sensory afferents modulate susceptibility to anxio-depressive behaviour in a mouse model of chronic heart failure. Kermorgant M, Ben Salem J, Iacovoni JS, Calise D, Dahan L, Guiard BP, Lopez S, Lairez O, Lasbories A, Nasr N, Pavy Le-Traon A, Beaudry F, Senard JM, Arvanitis DN. Acta Physiol (Oxf). 2021. Pubmed

Kidney inflammaging is promoted by CCR2+ macrophages and tissue-derived micro-environmental factors. Lefèvre L, Iacovoni JS, Martini H, Bellière J, Maggiorani D, Dutaur M, Marsal DJ, Decaunes P, Pizzinat N, Mialet-Perez J, Cussac D, Parini A, Douin-Echinard V. Cell Mol Life Sci. 2021.  Pubmed

Human Bone Marrow Is Comprised of Adipocytes with Specific Lipid Metabolism. Attané C, Estève D, Chaoui K, Iacovoni JS, Corre J, Moutahir M, Valet P, Schiltz O, Reina N, Muller C.Cell Rep. 2020. Pubmed

Aging induces cardiac mesenchymal stromal cell senescence and promotes endothelial cell fate of the CD90 + subset. Martini H, Iacovoni JS, Maggiorani D, Dutaur M, Marsal DJ, Roncalli J, Itier R, Dambrin C, Pizzinat N, Mialet-Perez J, Cussac D, Parini A, Lefevre L, Douin-Echinard V. Aging Cell. 2019. Pubmed

Comprehensive Mapping of Histone Modifications at DNA Double-Strand Breaks Deciphers Repair Pathway Chromatin Signatures. Clouaire T, Rocher V, Lashgari A, Arnould C, Aguirrebengoa M, Biernacka A, Skrzypczak M, Aymard F, Fongang B, Dojer N, Iacovoni JS, Rowicka M, Ginalski K, Côté J, Legube G. Mol Cell. 2018. Pubmed

Actualités

EndoTreat : projet de recherche mené en partenariat avec le CHU de Toulouse (E. Chantalat), l’INSERM-I2MC (F. Lenfant) et la start-up Urosphère.

EndoTreat : projet de recherche mené en partenariat avec le CHU de Toulouse (E. Chantalat), l’INSERM-I2MC (F. Lenfant) et la start-up Urosphère.

EndoTreat : projet de recherche mené en partenariat avec le CHU de Toulouse (E. Chantalat), l’INSERM-I2MC (F. Lenfant) et la start-up Urosphère. Créer des organoïdes d’endométriose à partir de lésions de patientes pour tester des candidats médicaments. C’est le défi du projet EndoTreat mené par une équipe toulousaine.

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Inserm/UPS UMR 1297 - I2MC Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires

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